Hồ Hòa Bình là tuyến đường thủy nội địa quốc gia (dài 203 km). Số lượng tàu, thuyền đang hoạt động trên hồ Hòa Bình khoảng 700 chiếc, trong đó có 200 tàu, thuyền chở khách. Địa phận tỉnh ta có 2 bến cảng là Cảng Ba Cấp, Cảng Bích Hạ và 3 bến thủy nội địa là Bến Tiến Anh (Thung Nai), bến Bình Thanh và Bến ông Hùng được cấp phép hoạt động. Nhiều năm qua, lực lượng chức năng đã quán triệt, chỉ đạo các đơn vị vận tải thủy nội địa thực hiện nghiêm túc các quy định của pháp luật trong hoạt động đường thủy nội địa, nhất là các điều kiện bảo đảm an toàn về giao thông đường thủy. Qua đó, tỉnh ta không để xảy ra TNGT đường thủy nghiêm trọng.
Mặc dù vậy, qua công tác kiểm tra thời gian qua cho thấy, hoạt động vận tải thủy trên hồ Hòa Bình còn nhiều hạn chế. Hệ thống báo hiệu đường thủy nội địa mới được lắp đặt trên tuyến nội địa Quốc gia. Trên địa bàn tỉnh có 6 nhánh ngập vào sâu các xã vùng hồ có chiều dài từ 4-14 km/nhánh, có nhiều tàu thuyền ra vào vận tải hàng hóa, hành khánh nhưng chưa được vào quản lý và lắp đặt hệ thống báo hiệu dẫn đến nguy cơ mất an toàn giao thông đường thủy. Số lượng tàu thuyền đã đăng ký, đăng kiểm theo quy định chỉ chiếm tỷ lệ 20%. Trong đó lượng phương tiện vừa phải đăng ký, vừa phải đăng kiểm khoảng 400 phương tiện (hiện mới đăng kiểm được 15%, đăng ký được 20% lượng phương tiện). Số còn lại chưa đăng kiểm được. Số phương tiện phải đăng ký nhưng không phải đăng kiểm ước tính khoảng 200 phương tiện. Số phương tiện không phải đăng kiểm, đăng ký khoảng 60 phương tiện. Nguyên nhân việc không đăng ký, đăng kiểm được đối với những phương tiện buộc phải làm các thủ tục này là do người dân sử dụng tàu thuyền theo kiểu dân gian không đáp ứng các yêu cầu kỹ thuật để đăng kiểm theo quy định. Nhiều phương tiện đã đăng ký, đăng kiểm lần đầu nhưng trong quá trình hoạt động đã sửa chữa không có hồ sơ thiết kế hoặc do tiêu chuẩn kiểm định có thay đổi nên cũng không đăng kiểm lại được. Để sữa chữa, cải tạo phương tiện đáp ứng yêu cầu kỹ thuật quy định, người dân phải bỏ ra một khoản chi phí lớn trong khi cuộc sống khó khăn, nên tỷ lệ phương tiện phải đăng ký, đăng kiểm thấp.
Những phương tiện nhỏ chỉ cần đăng ký, không cần đăng kiểm dùng để đi lại trên hồ nên người dân chưa quan tâm đến đăng ký phương tiện. Từ đó nhiều phương tiện thủy hoạt động trên hồ vi phạm các quy định về đăng ký, đăng kiểm, vi phạm về điều kiện người lái dẫn đến nguy cơ mất an toàn giao thông. Bên cạnh đó một số bến thủy tự phát trên hồ, nhất là các bến đón trả khách tại Hiền Lương, Bãi Sang, Hang Miếng gây khó khăn cho công tác quản lý hoạt động thủy nội địa. Nhằm đưa công tác quản lý hoạt động thủy nội địa hồ Hòa Bình vào nề nếp, Sở GT -VT đã đề xuất với Ban ATGT tỉnh kiến nghị với Bộ GT- VT có giải pháp kỹ thuật phù hợp giải quyết vấn đề khó khăn, vướng mắc trong công tác đăng kiểm phương tiện hoạt động trên hồ Hòa Bình, đưa phương tiện bảo đảm an toàn kỹ thuật được giấy chứng nhận kiểm định vào vận chuyển hành khách. Các lực lượng chức năng phối hợp với đơn vị quản lý đường thủy T.ư tăng cường tuần tra, kiểm soát, kiên quyết xử lý các phương tiện không đủ điều kiện an toàn kỹ thuật, người lái không đủ bằng, chứng chỉ chuyên môn vận chuyển hành khách, hàng hóa trên hồ Hòa Bình. Các huyện, thành phố khẩn trương rà soát các phương tiện hoạt động trên hồ Hòa Bình, tập trung tuyên truyền cho các chủ phương tiện chấp hành nghiêm túc các quy định của pháp luật về hoạt động vận tải thủy nội địa. Đối với chủ bến chưa được cấp phép cần khẩn trương nâng cấp, hoàn thiện các hạng mục công trình, xin chủ trương và làm các thủ tục cho phép hoạt động theo quy định.