Khu hệ cá của hồ gồm 94 loài và phân loài, thuộc 71 giống, 21 họ trong 8 bộ. Trong số này có 88 loài cá bản địa, 6 loài cá di nhập chiếm, 12 loài có sách đỏ Việt Nam 2007. Gần đây xuất hiện một số loài mới như: cá trôi trường giang, cá tầm, cá trê vàng, cá tiểu bạc. Đây là những tiềm năng lợi thế phát triển nuôi trồng các loài cá: lăng, chiên, tầm, trắm đen, bỗng, rô phi, điêu hồng...để hình thành các vùng nuôi trồng thủy sản hàng hóa tập trung.
Ngày 13/6/2014 Ban Thường vụ Tỉnh ủy Hòa Bình ban hành Nghị quyết số 12/NQ-TU về phát triển nuôi cá lồng bè vùng hồ thủy điện Hòa Bình giai đoạn 2014 – 2020. Trong đó, Nghị quyết số 12/2014 nêu rõ mục tiêu: Đến năm 2015, số lồng nuôi cá trên vùng hồ thủy điện Hòa Bình đạt trên 2.700 lồng (tương đương 65.000 m3), sản lượng nuôi, khai thác đạt 3.880 tấn, tạo việc làm cho khoảng 2.500 lao động. Hình thành mô hình liên kết doanh nghiệp với nông dân trong sản xuất, tiêu thụ sản phẩm; các nhóm nông dân hợp tác tự nguyện, liên kết sản xuất theo chuỗi giá trị được hình thành và hoạt động có hiệu quả. Đến năm 2020: Số lồng nuôi cá trên vùng hồ thủy điện Hòa Bình là 3.500 lồng (tương đương 85.000 m3), sản lượng nuôi, khai thác đạt 5.600 tấn, tạo việc làm cho khoảng 2.800 lao động. Duy trì và phát triển mạnh mô hình liên kết trong sản xuất, tiêu thụ sản phẩm, các nhóm nông dân hợp tác tự nguyện, liên kết sản xuất theo chuỗi giá trị hoạt động có hiệu quả.
Sau 5 năm thực hiện Nghị quyết số 12, NSNN đã hỗ trợ trên 30 tỷ đồng cho hơn 2.600 lồng nuôi cá cho 1.700 hộ nông dân vùng hồ sông Đà thuộc 5 huyện, thành phố. Hiện toàn tỉnh có 4.673 lồng cá, tương đương 2.700ha, tăng 2,3 nghìn lồng so với năm 2015, tăng 2,9 nghìn lồng so với khi chưa ban hành Nghị quyết và vượt hơn 1.100 lồng so với mục tiêu Nghị quyết đề ra. Tổng sản lượng thủy sản toàn tỉnh đạt 9,2 nghìn tấn, vượt 3,7 nghìn tấn so với mục tiêu Nghị quyết. Trong đó khai thác trên 1.700 tấn, nuôi trồng hơn 7.500 tấn gồm các loài như cá Chiên, cá Lăng chấm, cá Lăng vàng, Nheo mỹ, Diêu hồng, cá Trắm đen, cá Bỗng, cá Tầm, Trắm cỏ, Rô phi, cá Chim trắng, cá Trê lai, cá chép…
Tính đến hết năm 2019, cơ bản đạt và vượt các chỉ tiêu về số lượng của Nghị quyết 12 Tỉnh ủy. Song các chỉ tiêu về chất lượng như số lồng cá được liên kết sản xuất theo chuỗi giá trị còn thấp so với mục tiêu đề ra. Nguyên nhân do thực hiện các chính sách hỗ trợ trong 5 năm vừa qua mới tập trung chính sách hỗ trợ sau đầu tư cho các đối tượng hưởng lợi mà chưa chú trọng đến chính sách đầu tư như: đào tạo, chuyển giao tiến bộ kỹ thuật, xây dựng nhãn hiệu, xúc tiến thương mại, chứng nhận sản phẩm an toàn, cải tiến quy trình.
Bên cạnh đó, đi đôi với phát triển nghề nuôi cá lồng bè, tỉnh cũng đặc biệt quan tâm tới bảo vệ nguồn lợi thủy sản vùng hồ. Hàng năm, Chi cục Thủy sản phối hợp với Tổng cục thủy sản, giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Hòa Bình tổ chức lễ thả cá bổ sung, tái tạo nguồn lợi thủy sản xuống lòng hồ thủy điện Hòa Bình. Đây là hoạt động tích cực nhằm bảo vệ, phục hồi tái tạo nguồn lợi thủy sản đặc biệt là các giống loài thủy sản quý hiếm, có giá trị kinh tế cao, bảo vệ các hệ sinh thái thủy sinh tại các vùng nước nội địa, khuyến khích sự tham gia của cộng đồng trong quản lý, khai thác và sử dụng hợp lý nguồn lợi thủy sản, đảm bảo cân bằng sinh thái. Trong năm 2019 đã thả cá tạo nguồn lợi trên 67.000 con, chủ yếu là cá truyền thống và cá đặc sản.
Khó khăn hiện nay, diện tích nuôi thủy sản còn nhỏ lẻ, phân tán, chưa hình thành được vùng sản xuất hàng hóa tập trung. Việc đưa các giống cá có giá trị kinh tế, cá đặc sản vào nuôi còn hạn chế do giá thành đầu vào con giống, thức ăn cao, trong khi người dân còn khó khăn về kinh phí đầu tư sản xuất. Liên kết giữa nông dân và doanh nghiệp trong và ngoài tỉnh còn hạn chế, chưa có nhà máy chế biến bảo quản sau thu hoạch dẫn tới việc tiêu thụ sản phẩm còn gặp khó khăn. Nhìn chung tốc độ nuôi trồng thủy sản còn chậm, chưa tương xứng với tiềm năng và thế mạnh của tỉnh.
Xác định nuôi cá lồng bè vùng hồ thủy điện là một trong những nhiệm vụ quan trọng của ngành thủy sản của tỉnh, thời gian tới, tỉnh Hòa Bình tiếp tục duy trì phấn đấu phát triển thủy sản theo hướng bền vững, trên cơ sở ứng dụng công nghệ mới vào các hoạt động thủy sản nhằm đa dạng hóa sản phẩm. Tăng năng suất trên đơn vị diện tích, tăng giá trị thu nhập. Phát triển hợp lý nghề nuôi cá lồng trong các thủy vực lớn đi đôi với bảo vệ hiệu quả nguồn lợi thủy sản và môi trường. Phát huy thế mạnh tiềm năng mặt nước nuôi trồng thủy sản, tập trung đầu tư để ngành thủy sản phát triển tương xứng, cân đối trong cơ cấu kinh tế nông nghiệp tỉnh Hòa Bình./.